1955年，新中国对军区体制进行重大调整，撤销了成立初期的六大军区，重新划设为12个大军区；1956年，为强化东南沿海防务、应对台海局势，增设福州军区，由此形成13个大军区的格局，这一时期的军区设置更注重按战略方向细化职能分工。 军区构成、首任司令员与核心调整 12个大军区及首任司令员分别为： 沈阳军区：邓华 北京军区：杨成武 -济南军区：杨得志 -南京军区：许世友 广州军区：黄永胜 -武汉军区：陈再道 -成都军区：贺炳炎 昆明军区：谢富治 兰州军区：张达志 新疆军区：王恩茂 内蒙古军区：乌兰夫 西藏军区：张国华 1956年新增福州军区，首任司令员为叶飞，其设立具有明确针对性，专为应对台海局势而设，凸显了当时东南沿海的战略重要性。 1967年，内蒙古军区降为省级军区；1968年，西藏军区并入成都军区，经过这两次调整，13个大军区最终精简为11个大军区，使指挥体系更趋集中高效。 这一时期，许多将领在军区长期任职，如许世友担任南京军区司令员18年，杨得志在济南军区任职20年，稳定的指挥团队为军区职能的发挥提供了保障。 总体而言，十二/十三大军区时期实现了国防防御布局的精细化，各军区按战略方向明确分工，增强了应对不同区域安全威胁的能力。但同时，随着军区数量增加，也逐渐出现了机构重叠、资源分散等问题，为后续的军区体制改革埋下了伏笔。
