643年，侯君集谋反被抓，李世民想留他一命，却遭满朝文武反对。侯君集见状，对李世民说：“我愿赴死，恳求陛下看在我功绩的份上，给我留个儿子。”
公元640年，侯君集作为主帅，带兵远征西域的高昌国。侯君集带着大军，顶着恶劣的自然环境，长途跋涉，杀到了高昌城下。高昌国王麹文泰吓得一病不起，很快就死了。他儿子麹智盛继位，还想抵抗。
侯君集指挥唐军，用撞车撞城墙，用抛石机砸城头，很快就把高昌国给灭了。这一仗打得很漂亮，把唐朝的势力范围一下子扩展到了西域，重新打通了丝绸之路。
但是，问题就出在打完仗之后。侯君集立了大功，心态就有点飘了。他觉得功劳全是他的，在占领高昌期间，他干了几件很出格的事：纵兵抢掠，他手下士兵在高昌城里大肆抢劫财物，把王宫和富户家里值钱的东西都抢光了。士兵们发了财，侯君集自己也捞了不少好处。
高昌王室几代积累的珍宝，很多都被侯君集自己私藏了。甚至，他不等朝廷命令，自己就在高昌任命了一批大臣，这些事很快就被人告发了。李世民知道后非常生气。你侯君集功劳是大，但也不能这么无法无天啊！李世民下令把侯君集抓起来，关进了大牢。
虽然没过多久，李世民念及侯君集过去的功劳（特别是玄武门之变的功劳），又把他放了出来，官复原职。但这件事情在侯君集心里种下了一根刺。他觉得特别委屈：我替你卖命，打了那么大胜仗，立了那么大功，就因为抢了点东西、拿了点宝贝，你就把我关大牢？他觉得李世民对不起他，心里充满了怨恨。
加上他本身性格就比较骄横，喜欢吹牛，看不起别人（他就经常嘲笑名将李靖，觉得李靖打仗的本事不肯全教给他）。这种心态下，他看什么都不顺眼，觉得满朝文武都对不起他。
当时，李世民的大儿子李承乾，日子也不好过。李承乾腿有毛病，性格又比较乖张，李世民越来越不喜欢他，反而更喜欢四儿子魏王李泰。李承乾担心自己太子位子保不住，整天提心吊胆。
侯君集的女婿贺兰楚石在东宫当差。通过这层关系，侯君集和李承乾搭上了线。两个失意的人凑在一起，越说越觉得同病相怜。侯君集本来就对李世民不满，李承乾又急需帮手来保住皇位。侯君集就怂恿李承乾：“你看陛下这么偏心，你这位置悬啊！与其等着被废，不如咱们先下手为强！”
李承乾本来就有这个心思，被侯君集这么一鼓动，就下定决心要谋反。他们开始秘密策划，联络了一些对李世民或对现状不满的武将（比如汉王李元昌、洋州刺史赵节、驸马都尉杜荷等），准备找机会，逼李世民退位，或者干脆干掉李世民。
但是，这种掉脑袋的大事，参与的人多了，难免走漏风声。很快，李承乾和侯君集等人的密谋就被发现了。一个参与密谋的人（叫纥干承基）因为牵扯到李祐的案子被抓，为了保命，就把李承乾谋反的计划全抖了出来！李世民得知自己亲儿子和大臣要造自己的反，又惊又怒，立刻下令彻查。
结果，李承乾被废为庶人，流放。其他参与谋反的核心成员，包括侯君集，全部被抓了起来，关进大牢，等待严厉的审判。
李世民对侯君集的感情非常复杂。一方面，侯君集是他玄武门之变的老友，一起经历过生死，立下过大功；另一方面，侯君集现在犯的是十恶不赦的谋反大罪！按照唐朝法律，谋反是头等大罪，必须处死，而且要诛连家族。
李世民心里很难受，他想起过去并肩作战的日子，想起侯君集的功劳，实在不忍心杀他。在朝堂上讨论怎么处置侯君集时，李世民流露出了想饶他一命的意思，试探着问大臣们：“能不能…看在侯君集过去有大功的份上，留他一条活路？把他流放到偏远地方去算了？”
没想到，李世民这话一出口，立刻遭到了满朝文武几乎一致的强烈反对！今天你饶了他，明天别人有样学样怎么办？律法还要不要了？
功是功，过是过！ 他以前有功劳，陛下已经厚待他了。但他现在犯的是谋反，这功劳再大也抵不了这弥天大罪！
大臣们你一言我一语，态度非常坚决：侯君集必须死！没有商量的余地！李世民看着群情激愤的满朝大臣，知道谋反罪确实碰不得。他内心挣扎，但不得不屈服于律法。
当侯君集得知皇帝想保他但被群臣阻止，知道自己必死无疑时，他反而平静了。
侯君集没有为自己求饶。他知道谋反是死路，求也没用。他对着曾经并肩作战、如今却要处死他的皇帝李世民，说出了最后的、也是唯一的请求：“陛下，臣自知罪孽深重，死有余辜，不敢求生。只求陛下念在臣过去为大唐、为陛下，也曾出生入死，流过血汗，立过些许微功的份上…给臣留一个儿子吧！别让侯家断了香火。求陛下了！”
看着这位曾经意气风发、如今却沦为阶下囚的老部下，听着他这悲凉的恳求，李世民心里五味杂陈，眼泪忍不住流了下来（史书有记载太宗为之流涕）。
李世民答应了侯君集这个请求。他顶着压力，法外开恩，下旨：处死侯君集，抄没其家产，但赦免了他的妻子和一个儿子，把他们流放到岭南去了。侯家的血脉，算是勉强保留了下来。
