1949年，马呈祥带着8000两黄金逃往埃及。临行前，张治中极力挽留，可他却长叹道：“我手上血债累累，电报上都是哄人的话，就像哄着给野马戴笼头一样，等戴上了笼头，就身不由己了！” 1949年9月，马呈祥站在军部大院里，最后看了一眼这座他驻守了五年的城市，院子里停着三辆军用卡车，车上装着精心伪装的木箱里面藏8000两黄金。 陪同逃亡的队伍规模不小：妻子马氏、两个姨太太、四个孩子，加上特务连一个排和卫士队一个班总共六十多人。 逃亡的第一站是阿克苏，马呈祥原本指望这里的驻军旅长，他的老部下马德明会提供帮助，没想到刚进城就出了岔子，当地驻军以协助调查为名将马呈祥一行人团团围住。 马德明虽是旧部，但在利益面前也不讲情面，经过一番讨价还价，马呈祥被迫交出500两黄金作为过路费，这次敲诈让马呈祥意识到，大路不能走了，于是他决定改道，选择了一条极其艰险的路线翻越喀喇昆仑山。 从喀什到塔什库尔干的山路，是整个逃亡过程中最艰难的一段，海拔4000多米的高原上，氧气稀薄气温零下20度，女眷们无法骑马，马呈祥让人做了特制的木箱，把她们装在里面由骆驼驮着前进。 在塔什库尔干马呈祥遇到了意外的帮助者，在库尔班的帮助下，队伍终于在10月初越过了红其拉甫口岸，进入巴基斯坦境内，这时的马呈祥已经瘦了一大圈，原本威风凛凛的军长，现在更像个落魄的逃难者。 其实马呈祥的崛起离不开马家的庇护，他的父亲马庆是马步芳的大姐夫，这层关系让他从小就是马家的自己人，1935年22岁的马呈祥进入青海军官教导团，在马步芳的刻意栽培下很快崭露头角。 1938年，他被送到南京陆军大学深造，这在当时的西北军阀子弟中是极少见的待遇，学成归来后，马呈祥先后担任骑兵团长、旅长，1942年正式接任骑兵第五军军长，时年仅29岁。 马呈祥的军事才能确实不俗，1944年底新疆爆发三区革命，伊犁、塔城、阿山相继起义，国民党新疆警备总司令朱绍良节节败退，蒋介石急调马呈祥率骑五军入疆增援。 马呈祥采取以夷制夷的策略，拉拢部分哈萨克部落头人，分化瓦解革命力量，同时他还建立了严密的情报网，多次提前获知三区革命军的行动计划，在他的指挥下，骑五军成功守住了乌鲁木齐到哈密的交通要道，为国民党在新疆苟延残喘争取了时间。 但是马呈祥的成功是建立在血腥镇压之上的，据不完全统计1945年到1949年间，骑五军在新疆制造的屠杀事件超过30起，受害平民达3000余人。 最臭名昭著的是1948年的巴里坤惨案，马呈祥以通共为名，下令屠杀了整个村庄的312名村民，包括妇女和儿童，这些罪行即使在国民党内部也引起了非议，但马步芳的庇护让他安然无恙。 1949年8月下旬，兰州战役的炮声震撼了整个西北，马步芳苦心经营的青马主力，在解放军猛烈攻势下土崩瓦解，消息传到新疆马呈祥坐不住了。 他原本计划率部驰援兰州，但陶峙岳以保卫新疆为由，坚决不让骑五军离开，实际上陶峙岳此时已经在秘密筹划起义，他需要稳住马呈祥这个不稳定因素。 9月初张治中从北京发来电报，措辞恳切地劝马呈祥弃暗投明，电报中说：时代潮流浩浩荡荡，顺之者昌逆之者亡，您年富力强若能率部起义，必将功德无量。 马呈祥看完电报沉默良久，对副官说：张先生的话说得好听，但我这双手沾了太多血，共产党能放过我，电报上的承诺就像给野马戴笼头，一旦戴上了，往后就身不由己了。 实际上，共产党方面确实对马呈祥进行了争取，毛主席曾指示：对马呈祥这样的人，如果真心悔过可以既往不咎，但马呈祥始终不相信这些承诺，他的恐惧来自于内心深处的罪恶感。 9月23日晚，马呈祥召集心腹开了最后一次会议，会上他宣布了逃亡计划，并许诺每人可以分到一笔安家费，有几个军官提出异议，认为应该跟随陶峙岳起义。 马呈祥冷冷地说：愿意留下的可以留下，但别怪我没提醒，共产党秋后算账的时候可别后悔，最终大部分心腹选择跟随他逃亡。 在开罗马呈祥与马步芳重逢，两个落魄的逃亡者相对无言，昔日的威风早已荡然无存，马呈祥在那里待了不到一年，就因为语言不通、生活不习惯而选择前往台湾。 1950年8月马呈祥抵达台湾，蒋介石给了他一个澎湖防卫部副司令的虚职，月薪不过三百银元勉强够一家人糊口，更让他难堪的是，台湾的其他国民党将领都看不起这些从大陆逃来的败军之将。 1975年，马呈祥主动辞去了副司令的职务彻底退出军政界，此后的16年里他深居简出很少与外界接触。 1989年，76岁的马呈祥曾托人带信给大陆的亲戚，询问能否回乡探亲，但考虑到他的历史问题最终没有获得批准，这个消息让他备受打击，此后健康状况急转直下， 1991年春节刚过马呈祥就卧床不起，医生诊断为多器官衰竭，已经无力回天。
