1980年9月伊拉克全面入侵伊朗，开始了长达八年的两伊战争（1980年9月－1988年8月）。伊朗人猛烈的抵抗及伊拉克的军事机能不全很快就使伊拉克的侵略步伐缓了下来，到1982年初，伊朗已收复被伊拉克占领的失地。面对外敌入侵，伊朗人与新政权团结在一起，提高了霍梅尼的威望，巩固及稳定了他的领导。在两伊战争的形势逆转后，霍梅尼拒绝了伊拉克所提出的停战，要求伊拉克要就此赔偿，并要萨达姆·侯赛因政权下台。 虽然伊朗的人口三倍于伊拉克，经济规模亦远比伊拉克庞大，但伊拉克却得到邻近波斯湾国家、苏联及西方国家的支援。海湾国家及西方要防止伊斯兰革命在波斯湾扩散开去，苏联则要确保他们在中亚北部的统治地位。 战争进而延续了六年，损失逐渐扩大。伊拉克向德黑兰发动长达一个月的导弹袭击，德黑兰的经济受到严重破坏，伊朗的船只及运油轮受到美国海军袭击，加上伊拉克重夺法奥半岛，伊朗军队士气低落。同年7月，伊朗接受联合国调停，霍梅尼形容这是“喝了一杯毒药”，伊朗在战争当中的死伤人数高达450,000－950,000人，经济损失高达3000亿美元，但霍梅尼坚称将战事扩大试图推翻萨达姆·侯赛因并不是一个错误。