1949年2月24日，吴稚晖乘专机到台湾，这时他已85岁了，身体每况愈下，1950年夏游阿里山闹了一场大病，蒋介石将他从台北接到阳明山，养病避暑。 吴稚晖是蒋介石眼中的“党国瑰宝”。1926年7月9日，北伐军誓师北伐，吴稚晖代表国民党中央将党旗、国旗授于蒋介石，这时吴在国民党内身兼几个委员会的委员，从此他开始公开地投靠蒋介石，为他当军师，摇旗呐喊。当时就有人骂他:“如家狗，谁投以肉骨，即为谁而吠”。尤其是在蒋介石发动的“四·一二”反革命政变中，吴稚晖更是秉蒋的旨意，一马当先充当反共急先锋。 1927年4月2日，吴稚晖在《呈国民党中央监察委员会文》中，首先公开出面提出“清党”。这在国民党右派看来，是干了一件轰轰烈烈的大事，因为这正是蒋介石叛变革命所不可缺少的舆论准备。 4月9日，吴稚晖又与中央监察委员会邓择如等联名发出《护党救国通电》，叫嚷：“望我全体同志，念党国之危机，凛危之之无日，被发缨冠，共图匡济，扶危定倾，在此一举了。”蒋、吴一唱一和，叛变革命的政治准备完成了最后一道手续，第三天——4月12日，大屠杀开始了。 上述的“呈文”和通电，都是由吴稚晖亲笔起草的。这些文件，为蒋介石发动“四·一二”政变作了充分的舆论准备。这个过去鼓吹无政府主义最起劲的吴稚晖，已经成为蒋介石“清党”“分共”最积极的走卒。 “四·一二”政变后，蒋介石委任吴稚晖为总司令部政治都主任，吴受宠若惊，欣然上任。1929年冬，冯玉祥发给他一个电报，说：“如有人骂先生：苍髯老贼，皓首匹夫，不惜以党国元老为独夫作奴才，死后有何面目见先总理于地下，先生将何以自解?” 此后，吴稚晖更是死心塌地地追随蒋介石，为其独裁统治效劳，历任国民政府教育部国语统一筹备委员会主席，国话推行委员会主任委员，建设委员会常务委员，史学研究会常务委员，国民党中央政治委员会委员，国民党中央国防最高会议常务委员，国防最高委员会常务委员，国民党中央监察委员会常务委员，伪国大主席等职，是蒋介石的主要支持者之一。 除了在政治上坚定追随蒋介石之外，吴稚晖在大陆还曾为统一中国语音，达到“书同文”“字同音”作过努力。早在1912年他就出任国语统一会会长，1913年在广州召集各地文化教育部门的官员开会以统一语音，会上争论相当激烈，南腔北调，人人都想以自己的发音为标准音，人人都想成为造字之“仓颉”。最后经过协调统一制订了一个语音规则，于1918年编订了一本《注音字典》。这便是国民党所谓官话的发音标准。但当时军阀割据，政令不一，各地军阀对此注音并不重视，再加政局动荡，战火不断，推广语言的工作根本无法进行，尽管吴稚晖为此花了不少精力，但实际上收效甚微。 1951年夏，吴稚晖再度上阳明山避暑，住在一栋日式平房里，房子居于浓林深处，傍溪构造，风景十分优美。吴稚晖每天一般在林中溪边或坐或遛，与来访者谈谈话，或者自己看点书。每天吃饭以馒头、青菜、豆腐、鸡蛋、牛奶类为主，生硬油腻的食物早已多年不敢沾口了。 1952年4月，吴稚晖因腺肿大，小便时有不通，到6月25日晚，小便猝然不通，尿毒微侵两肾，第二天转到台北大学附属医院治疗。1953年春留住医院，病势渐轻，5月吴稚晖妻子去世。9月吴稚晖尿毒侵两肾，心脏转趋衰弱，饮食锐减。10月30日下午故去，终年89岁。 11月3日，以蒋经国为首的治丧委员会按吴稚晖遗嘱，将其遗体火化，12月1日在金门岛海葬，以尽量靠近大陆。 吴稚晖身为国民党元老，一生以拥蒋反共而著称。凡是与蒋介石作对者，吴稚晖总要跳出来骂一番，特别是与蒋介石争夺领袖的主要对手胡汉民、汪精卫一派更是常常被他骂得狗血喷头，故吴稚晖在国民党内落下了“疯狗”的绰号。同时吴稚晖还是个狂热的反共分子，一生发表无数恶毒攻击共产党、共产主义的反动言论。他还扬言，如果共产党胜利了，他就要为国民党殉葬。然而，言犹在耳，在人民解放军进军江南时，他却食言而肥，逃之夭夭。 袁云庆为吴稚晖夫人，虽不识字，却贤淑擅理家事。她有洁癖，难适吴之性格。六十岁定居上海，吴赴台未随。一女未嫁，一子娶李筱梅，无嗣。
